Il suo debutto fra i big arriva l’11 aprile 1999 nella sfida contro il Verona in Serie B, mentre l’esordio nella massima serie giunge il 1 ottobre 2000 contro la Lazio.

Nonostante Bellini metta in mostra le sue doto di giovane promessa e le offerte d’acquisto piovano continuamente a Zingonia, l’Atalanta non lo cede, se lo tiene stretto e sostanzialmente firma un contratto a vita. Sì, perché Bellini non lascerà più l’Atalanta, indossandone la maglia fino al 2016, dopo esserne divenuto capitano a partire dal 2011. Complessivamente il laterale ha indossato ben 435 volte la casacca orobica (record assoluto), di cui 279 volte in Serie A, 117 in Serie B, 37 in Coppa Italia, oltre alle 2 dello spareggio salvezza contro la Reggina. Il legame con la Dea è però molto forte e, a partire dalla stagione 2017/2018, entra a far parte dello staff tecnico della Primavera allenata da Massimo Brambilla assumendo il ruolo di viceallenatore.